מרפאת נשים בבית החולים מרכזת את המעקב והטיפול הרפואי בכל קשת הבעיות הגינקולוגיות שאינן מצריכות אשפוז. נשים המגיעות למרפאה נהנות מהטיפול הרב-תחומי בהדסה ומניסיונם העשיר של רופאי המערך הגינקולוגי בבית החולים. מרפאת הנשים, בהובלתה של הגב' אסתי בקשי דואניאס, מעניקה שירות רפואי מתקדם לכל פונה, וממוקמת בבניין המרפאות בקומה 2 בבניין המרפאות בהדסה הר הצופים.
למרפאת נשים מגיעות נשים אשר סובלות מבעיות גינקולוגיות כלליות ברפואה הקהילתית. כמו כן, צוות המרפאה מלווה נשים לאחר שעברו ניתוחים במחלקת נשים על מנת לדון בתוצאות הניתוח, תשובות הפתולוגיה שהתקבלו וכן לתכנן יחד את המשך הטיפול הנדרש. במקרה הצורך, צוות המרפאה עומד בקשר עם מומחים בתחומים אחרים על מנת לרכז טיפול בגישה רב-תחומית השמה לנגד עיניה את טובת המטופלת ומתן פתרון אופטימלי לאתגרים הרפואיים איתן היא מתמודדת.