בחדר החלוקה נמצאות כל התרופות הנדרשות לטיפול המאושפזים במחלקות, על פי צורכי ודרישות המחלקה וצרכיו הפרטניים של כל חולה וחולה המטופל בה. חדר החלוקה הוא "מרכז העצבים" של בית המרקחת – הוא קולט את כל ההזמנות של מחלקות בית החולים, מכין אותן בהתאם לדרישות הרפואיות ומוודא את שליחתן, מוכנות, למחלקות.
חדר החלוקה של בית המרקחת נותן מענה גם למרשמים מיוחדים לחולים פרטניים. המרשמים מגיעים, נבדקים, ולאחר שהם מאושרים, הם נשלחים הישר לחולה במחלקה.
לכל מחלקה משויך רוקח, המכיר את הייחודיות שלה ואת צרכיה. הרוקח מכניס הזמנה לחדר החלוקה, ושם מכינים את התרופות על פי הנדרש. כל מחלקה מתאפיינת בתרופות הרלוונטיות לה. בחדר החלוקה מצויות תרופות מיוחדות, הנרקחות במיוחד בבית המרקחת, בדגש על תרופות לטיפולי עור, תרופות לעיניים והכנות רוקחיות מותאמות לתינוקות וילדים.