לצורך אבחון של הסרקומה והכוונת הטיפול, דרוש פעמים רבות אבחון מולקולרי מדויק.
מטרת השיטה היא לבדוק טרנסלוקציות בסרקומות באמצעות ,Nanostring על מנת לתת מענה דיאגנוסטי פרוגנוסטי ופרדיקטיבי טוב יותר לחולי סרטן מסוג סרקומה.
השיטה:
השיטה של NanoString nCounter מבוססת על היברידיזציה בו זמנית של פרובים ספציפיים רבים המכוונים לאתרי איחוי רבים ב- RNA שמקורו ב- FFPE.
באיור 1 מתוארים הפרובים השונים אותם מוסיפים ל RNA לצורך הבדיקה. ישנם 3 פרובים המכונים CodeSet: A, B ו- P. פרוב A נקשר ל- RNA ומכסה את הרצף של אזור האיחוי. פרוב B נקשר ל- RNA ברצף שנמצא 3' לאזור הקשירה של פרוב A. פרוב P (Protector) נקשר לפרוב A כאשר פרוב A אינו קשור ל RNA על מנת להגביר את הספציפיות. פרוב Reporter מחובר לרצף ייחודי של מולקולות פלורוסנטיות והוא ספציפי לרצף מסוים של איחוי. פרוב ה Reporter מתחבר באמצעות רצף ספציפי לפרוב A. לפרוב B מתחבר גם tag של Biotin על מנת לאפשר היצמדות של כל הקומפלקס (RNA ופרובים) למשטח של ה cartridge המצופה ב streptavidin.
איור1:
הפרובים השונים המשתתפים בשיטה
יתרון השיטה:
זולה יחסית ל NGS ומאפשרת בדיקת איחויים רבים בו זמנית במספר גדול יחסית של חולים. בשיטה זו נעשה שימוש בקיט מסחרי של חברת ננוסטרינג המבוסס על המאמר של Chang, Kenneth T.E. et al. 2018. קיט זה בודק 174 אתרי fusions ייחודיים ב 25 סוגי סרקומות .