חלק נכבד מפעילותה של המרפאה מוקדש ליעוץ בהריון. הסיבות העיקריות לפניה ליעוץ גנטי שכזה הן מחלות אצל בני משפחתם של הפונים, ממצאים חריגים בבדיקות הרוטינה בהיריון דוגמת בדיקות סקר לא תקינות או ממצאים לא שגרתיים בסקירת מערכות. כמו כן מגיעים אל המרפאה לגנטיקה נשים/זוגות בהריון אשר ברצונם להרחיב את ידיעותיהם על האפשרויות לבירור גנטי של העובר במהלך ההיריון.
שירות זה ניתן על מנת להאיר את עיניהם של ההורים לעתיד בנוגע לעולם המורכב והמתפתח של בדיקות גנטיות לעובר. בתחילה מתקיימת פגישת יעוץ גנטי, בה נאסף המידע הרלוונטי על ההיריון ומידע על בני הזוג ובני משפחותיהם. לאחר מכן מתקבלות ההמלצות לפי הצורך לבירור גנטי של העובר.