המרפאה ליעוץ דיאטני לילדים קשורה ישירות ליחידה לגסטרואנטרולוגיה ילדים, ומתמקדת בייעוץ תזונתי מתאים לכל תחום. היחידה מורכבת מרופאים (אותם רופאים מיחידת גסטרואנטרולוגיה ילדים , ומדובר באותה מרפאה) וצוות דיאטניות קליניות המתמחה בילודים, ילדים ומתבגרים.
לייעוץ ביחידה מופנים ילדים מכל מרפאות הילדים הנזקקים לייעוץ בתחומים מגוונים: בעיות האכלה בתינוקות ופעוטות, כשל שגשוגי - עיכוב בגדילה והתפתחות, התאמת תפריטים מיוחדים למיגוון בעיות: מטבוליות, נפרולוגיות ועוד, הפרעות במערכת העיכול (כגון: צליאק, קרוהן, שלשולים, עצירות), סוכרת נעורים, יתר שומנים בדם, השמנת יתר, הפרעות אכילה, צמחונות ועוד.