האגף לרפואה פנימית של הדסה עין כרם והר-הצופים הינו מרכז שלישוני לרפואה פנימית, הכולל חמש מחלקות אשפוז. פנימית א', פנימית ב', פנימית ג', פנימית ד' ומחלקה בהר-הצופים.
בנוסף: יחידת אשפוז יום ויחידת טיפול נמרץ פנימי בכל אחד משני בתי החולים במסגרת האגף פועלות אף מחלקות לגסטרואנטרולוגיה, נפרולוגיה ואנדוקרינולוגיה, וכן יחידות המתמחות בליפידים, גריאטריה, אבחון וטיפול במחלקות כבד, סוכרת, ראות, ראומטולוגיה, אימונולוגיה קלינית, ופרמקולוגיה קלינית. מחלקות האגף ויחידותיו השונות מטפלות בחולים מורכבים מכל רחבי המדינה ועוסקות במחקר קליני וביו-רפואי מתקדם באמצעות מרכזי מצוינות ובהוראה לסטודנטים לרפואה ומתמחים.
במחלקות הפנימיות בהדסה נקוטה גישה מולטי-דיסציפלינארית המשלבת אבחון וטיפול מתקדמים וחדשניים, מחקר והוראה תחת מטריה מחלקתית אחת, ושימת דגש על המטופלים במרכז תוך הענות לצרכיהם הרפואיים החברתיים והנפשיים. האשפוז והטיפולים השונים מתקיימים באתרים ומחלקות חדשות ונוחות.
במסגרת האגף פועלים רופאים מומחים העוסקים בנושאים הייחודיים הבאים:
- אנדוקרינולוגיה וסוכרת
- גסטרואנטרולוגיה ומחלות כבד
- נפרולוגיה (יתר לחץ דם, טיפול ומניעה במחלות כליה, דיאליזה)
- אלרגיה ואימונולוגיה קלינית
- גריאטריה
- פרמקולוגיה קלינית ושרות ייעוץ תרופתי
- ראומטולוגיה
- ליפידים (מניעת מחלות לב וכלי דם)
- טיפול נמרץ פנימי
- אוסטיאופורוזיס
- ריאות
- אשפוז יום