הגן ALK מקודד לטירוזין קינאז (TK) ממשפחת הרצפטורים של אינסולין. איחוי של הגן ALK עם גנים אחרים קורה בשיעור של 3%-5% ממקרי סרטן הריאה. ידועים לפחות 22 גנים אתם עובר ALK איחוי כאשר הראשון שהתגלה והנפוץ הוא EML4. תוצר האיחוי של ALK הינו חלבון בעל פעילות קונסטיטוטיבית. שיטת הבדיקה המקובלת כיום לאיחוי של ALK היא באמצעות אימונוהיסטוכימיה (IHC) עם נוגדן לתוצר האיחוי וכן בדיקת טרנסלוקציה באמצעות (FISH (Fluorescence in situ hybridization עם פרוב ספציפי לאתר השבר.
RET הינו טירוזין קינאז המפעיל את המסלולים של RAS-MAPK-ERK ושל PI3K-AKT ומשרה שגשוג של התאים והתמיינות. איחוי של הגן RET קורה בשיעור של 1%-2% ממקרי סרטן ריאה מהסוג NSCLC. כתוצאה מהאיחוי נוצר חלבון בעל פעילות קונסטיוטיבית. אין שיטה היום שהיא "gold-standard" לבדיקת איחוי של RET.
הגן ROS מקודד לטירוזין קינאז. איחוי של הגן ROS קורה בשיעור של 1%-2% ממקרי סרטן ריאה מהסוג NSCLC. כתוצאה מהאיחוי של ROS ישנה הולכת סיגנל דרך מסלולים של PI3K-AKT-mTOR, JAK-STAT , MAPK-ERK ולהפעלה של SHP-1 ו-2 וכתוצאה מכך נגרם שרידות של התאים ושגשוג. השיטה המקובלת לבדיקת טרנסלוקציה הינה באמצעות FISH.
החיסרון בשיטה כמו IHC לבדיקת איחוי הוא שבכל בדיקה ניתן לבדוק איחוי של גן אחד בלבד וכן שבדיקה זו מגלה רק את המקרה השכיח של איחוי אותו בודקים (למשל ALK-EML4).
החיסרון בשיטת הבדיקה של FISH לאיתור טרנסלוקציות הוא שניתן בכל בדיקה לבדוק טרנסלוקציה בגן אחד בלבד וכן ששיטה זו מסורבלת יחסית ודורשת מיומנות.
מטרת הבדיקה בשיטה של Nanostring היא לתת מענה דיאגנוסטי פרוגנוסטי ופרדיקטיבי לחולי סרטן ריאה על מנת שניתן יהיה לטפל בהם בתרופות כמו Crizotinib שהינו TKI. השיטה בודקת באותו הזמן איחוי/טרנסלוקציה בארבעה גנים שונים (ALK RET ROS NTRK) ובאתרים אפשריים רבים.
השיטה מבוססת על שני פטנטים שונים:
- השיטה הראשונה נקראת 5’/3’ Positional Imbalanced Probe Gene Expression Design. בשיטה זו בודקים את ביטוי הגנים במעלה הזרם (upstream) לנקודת השבר לעומת במורד הזרם (downstream) לנקודת השבר באמצעות סידרת פרובים הספציפיים לאזורים 5' וסידרת פרובים הספציפיים לאזורים 3' (איור מס' 1). בכל מצב של איחוי אפשרי ניתן לקבל איחוי לפרומוטור עם פעילות/ חוזק שונה וכתוצאה מכך יחס הביטוי 5'/3' יהיה שונה מהערך 1. בשיטה זו אם כן ניתן לדעת שהיה Fusion אך לא ניתן לדעת עם איזה גן ספציפית.
איור מס' 1 
- השיטה השנייה בודקת באופן ספציפי איחוי של ארבעת הגנים עם מספר גנים נפוצים. הספציפיות מתקבלת כתוצאה מהוספת פרוב שנקרא Protector Probe לפרוב שמכוון לנקודות איחוי ספציפיות ( איור מס' 2 ). ה- Protector Probe יוצר שיווי משקל תרמודינאמי שמאפשר קישור מושלם לאתר האיחוי רק במצב של Fusion ורק במקרה כזה יתקבל סיגנל פלורוסנטי.
איור מס' 2
בחלק העליון של הטבלה המצורפת שלהלן מופיעה רשימת הגנים שעוברים איחוי באופן ספציפי עם ALK, RET, ROS ו- NTRK (השיטה השניה). בחלק התחתון של הטבלה מופיעים מספר הפרובים שתוכננו עבור כל גן לשיטה הלא ספציפית (הראשונה).
