היחידה לסווג רקמות ואימונוגנטיקה מתמחה באימונוגנטיקה של האדם. היא מבצעת סווג רקמות ברמה הסרולוגית, מולקולרית ותאית לקראת השתלת מח עצמות, כליות, לבלב ולב. במסגרת היחידה מבוצעות הבדיקות הבאות: קביעת אבהות, אמהות והורות וזיהוי גנטי לצרכי רפואה משפטית (באישור בית משפט).
המעבדה מבצעת גם סווג רקמות לצרכי אבחנה מבדלת של מחלות ואבחנה טרום-לידתיות של מחלות הקשורות במערכת תאום הרקמות.