המחלקות בעין-כרם ובהר-הצופים מטפלות בכל התחומים הרפואיים המיוחדים לנשים בכל שלבי חייהן. בין היתר בפוריות האשה והגבר, כולל הפריה חוץ גופית, מעקב הריון, סיבוכים בהריון, גיל ההתבגרות גיל המעבר, גיל הזהב, אמצעי מניעה וכירורגיה מודרנית בגניקולוגיה.
תחום ענין מיוחד במחלקה הוא תחום הקשר שבין מערכת המין והשתן בנשים - אורוגינקולוגיה.
המרכז לבריאות האישה ע"ש פטרישה וראסל פליישמן, מהווה חלק מהמחלקה ומורכב מארבע זרועות: הזרוע הקלינית, המחקרית, הקהילתית וקשים עם ארגונים שונים.