מחלקת כירורגיה מציעה שירותי אבחון, טיפול וניתוח בכירורגיה כללית וכירורגיה אנדוסקופית וטורקוסקופית. בנוסף עוסקת המחלקה בהוראת סטודנטים לרפואה ומתמחים בכירורגיה, ובמחקר בסיסי וקליני בשטחים שונים הקשורים לעבודת המחלקה.
למחלקת כירורגיה מרפאת יעוץ במסגרת בית החולים כמו גם מרפאות יעוץ רבות במסגרת מרפאות הקהילה של כל קופות החולים ברחבי ירושלים וסביבתה.
המחלקה ממוקמת בקומה 3 בבית החולים הדסה בהר-הצופים וכוללת 32 מיטות אשפוז, 4 מיטות טיפול נמרץ, חדרי ניתוח, התאוששות ומרפאות.