המחלקה הפנימית של בית חולים "הדסה" עין כרם כוללת 3 מחלקות אשפוז (פנימית א', ב' ו - ג') עם 105 מיטות, יחידת טיפול נמרץ פנימי עם 9 מיטות ויחידת אשפוז יום פנימי עם 20  מיטות. המחלקה כוללת גם את השירותים  לגסטרואנטרולוגיה, אנדוקרינולוגיה ונפרולוגיה, וכן את יחידות הכבד, סוכרת, ראומטולוגיה, גריאטריה, אימונולוגיה קלינית ואלרגיה, תזונה קלינית, ליפידים.

המחלקה משמשת כמרכז בריאות שלישוני המשלב טיפול במחלות פנימיות עם מחקר ביו-רופאי בסיסי וקליני והוראה לסטודנטים לרפואה ומתמחים. במחלקה קיימים מספר מרכזי מצויינות העוסקים בשטחי רפואה מגוונים כגון סוכרת, אימונולוגיה קלינית וראומטולוגיה, נפרולוגיה, והטיפול בלופוס. כמו כן מתוכננים מרכזי מצויינות עתידיים בגריאטריה, גסטרואנטרולוגיה וגידולי כבד.

לכל שרות ויחידה במחלקה יש מנהל האחראי על הטיפול הרפואי הניתן לחולים, על הכשרת והערכת המתמחים והסטודנטים לרפואה, ועל הניהול האדמיניסטרטיבי של המחלקה. השירותים והיחידות של האגף מטפלות בחולים הסובלים ממגוון רחב של מחלות פנימיות, תוך שיתוף פעולה מלא עם שאר המחלקות בבית החולים.

הגישה שמאפיינת את הטיפול בחולה הינה גישה הוליסטית, אשר מתייחסת לכלל הבעיות הרפואיות של המטופל, תוך שימוש בממצאי מחקר עדכניים ומכשור וטכניקות חדשניים.