המכון האונקולוגי מטפל בהיבטים השונים של מחלת הסרטן. במכון מגוון טיפולים בכל סוגי הגידולים הממאירים, הכוללים כמותרפיה, טיפול קרינתי חיצוני ופנימי (ברכיתרפיה), טיפולים ביולוגים, אימונולוגים והורמונלים. הפעילות במכון כוללת גם אבחון, מעקב רפואי למטופלים, תמיכה פסיכואונקולוגית, טיפול בכאב וטיפול תומך, יעוץ גנטי ויעוץ לגילוי מוקדם. במכון פעילות מחקר ענפה הכוללת מחקר בסיסי, ומחקר קליני.

רופאי המחלקה לאורולוגיה עוסקים באבחנה ומבצעים  ניתוחים וכן טיפולים אחרים בכליות, דרכי השתן של ילדים ושל מבוגרים, נשים וגברים, וכן מחלות אברי המין של הגבר ובפתרון בעיות בתפקוד מיני.

מחלקת אורתופדיה של הדסה מספקת טיפול מקיף ואיכותי במגוון נרחב של בעיות השריר והשלד  בכל טווח הגילאים.  במחלקה יחידות שונות המתמחות בטיפול ניתוחי ולא ניתוחי במגוון רחב של בעיות ספציפיות כגון בעיות עמוד שדרה,גידולים, טראומה, ילדים, כף יד, כף רגל, כתף, החלפת מפרקים, ספורט וכף רגל סוכרתית.

מחלקת  אף אוזן גרון, ניתוחי ראש  צואר  עוסקת באבחון וטיפול שמרני וכירורגי לכל  הבעיות שקשורות לקול ושמיעה ודרכי נשימה .

המחלקה לביוכימיה קלינית פועלת בבתי החולים של הדסה בעין כרם ובהר הצופים למתן שרות מעבדתי קליני במסגרת המעבדה המרכזית (לפירוט תחומי השרות המעבדתי - ראה באתר המעבדות). במקביל מקיימת המחלקה לביוכימיה קלינית פעילות מחקר בסיסי ומחקר יישומי-קליני, ופעילות ענפה של הוראה אקדמית.

מתרים ומספק דם ומרכיבי דם.  מעבר לבדיקות הבטיחות והאיכות השגרתיות, נותן מענה למתן דם לחולים מורכבים עם צרכים מיוחדים.

ביחידה הגסטרואנטרולוגית ניתן יעוץ לסובלים ממחלות והפרעות בדרכי העיכול. היחידה מבצעת בדיקות אבחנתיות באמצעות וידאו אנדוסקופים, המאפשרות בדיקה מדוייקת של דרכי העיכול העליונות, המעי הגס, דרכי המרה והלבלב.

היחידה ל גריאטריה הינה חלק מהאגף לרפואה פנימית, ראה להלן פנימית עין-כרם.

במחלקה מתבצעות פעולות שיקום מקיפות לכל מצב הדורש אבחון וטיפול רפואי ושיקומי. המטרה היא לעזור לכל מטופל שתפקודיו נפגעו ממחלה, נכות או טראומה להשיג עצמאות מרבית, ולשם כך פותחו במחלקה גישות חדשניות. כמו כן שותפים אנשי הסגל כיועצים לנושאי גיבוש מסגרות חוקי עזר למוגבלים פיזית.

המחלקה להמטולוגיה מהווה מרכז לאבחון וטיפול רב–תחומי במחלות המטולוגיות רבות הכוללות מחלות דם ממאירות לוקמיה, לימפומה, מילומה, מחלות קרישה  וכן מחלות דם תורשתיות.

מחלקת הרדמה וטיפול נמרץ מטפלת בהרדמה כללית ואזורית לכל סוגי הניתוחים.

המחלקה מטפלת בחולים עם מחלות דם ממאירות, מחלות תורשתיות הניתנות לטיפול בעזרת השתלת מח עצם, חולים עם מצב חסר חיסוני וחסר תוצרי מח עצם.

עוסקת במתן מענה רפואי ראשוני אבחנתי וטיפולי לחולים דחופים המתקבלים לבית החולים בדיסציפלינות הרפואיות השונות ובכל טווח הגילאים.

מחלקת ילדים עין כרם מהווה מרכז לאבחון וטפול רב-תחומי במגוון רב של מחלות ילדים חריפות וכרוניות וזאת ע"י צוות מיומן של רופאי ילדים המומחים בתחומים נוספים רבים ושונים, וכולל אחיות, עובדות סוציאליות, תזונאיות, פסיכולוגיות, פיסיותרפיסטיות, מורות ועוד. מחלקות האשפוז ואשפוז יום וכן רוב מרפאות המומחים ממוקמים בבנין אם וילד בהדסה עין כרם, שהינו מבנה חדיש ומאד ידידותי לילדים.  מיון ילדים, במסגרת הרפואה הדחופה, יעבור בשנת 2004 למבנה חדש ומאד נוח.

היחידה לטיפול נמרץ ילדים נוסדה בהדסה עין כרם ב-1980 ע"י פר' ק. גויטיין. היחידה הינה יחידה אינטר-דיסציפלינרית לטיפול בילדים הסובלים ממצבי אי-יציבות מסכני חיים הזקוקים לניטור מתמשך ולטיפול באמצעים ייחודיים. החולים ביחידה מגיעים מתחומים רפואיים שונים, כירורגיים ופנימיים.

המחלקה להמטולוגיה-אונקולוגיה ילדים מטפלת בילדים עם גידולים מסוגים שונים, בילדים עם מחלות במערכת הדם ובילדים עם כשל של מערכת החיסון. המחלקה אחראית גם על תחום השתלות מח עצם בילדים.

המחלקה פועלת כחלק מאגף הילדים של הדסה. מומחי המחלקה מציעים טיפול בכל מקצועות העל הפדיאטריים.

המחלקה מבצעת ניתוחים בשיטות מתקדמות, כולל ניתוחים לפרוסקופיים.בין היתר עוסקת המחלקה בהשתלת איברים, כירורגיה אונקולוגית, ניתוחים של מערכת העיכול ועוד.

המחלקה מציעה שירותי אבחון, טיפול וניתוח בכירורגיה כללית וכירורגיה אנדוסקופית וטורקוסקופית. במחלקה רופאים מנתחים המובילים בארץ. בנוסף עוסקת המחלקה בהוראת סטודנטים לרפואה ומתמחים בכירורגיה,  ובמחקר בסיסי וקליני בשטחים שונים הקשורים לעבודת המחלקה .

 במחלקה מתבצעים ניתוחים וסקולריים מגוונים, הכוללים:
אנדארטרקטומיה של עורקי הקרוטיס, תיקון אנוריזמות של האאורטה והעורקים הפריפריים, ניתוחי מעקף האאורטה וכלי דם בגפיים, מעקפים בין האאורטה לעורקי הכליות, מעקפים בין האאורטה לעורקי המעיים והכבד.

המחלקה עוסקת בייעוץ, טיפול וביצוע ניתוחים במחלות הבאות: 
 מחלות של העורקים הכליליים: ניתוחי מעקפים עם ובלי שימוש במכונת לב-ריאה, ניתוחי מסתמים כולל תיקוני מסתם או החלפה.

המחלקה מטפלת בשחזור מומים מולדים,  בגידולי עור, בכוויות, חבלות ותאונות דרכים, חבלות תלישה ומפעילה  מרכז לאסתטיקה המציע ניתוחים פלסטיים ואסתטיים.

מחלקת כירורגיה ילדים בהדסה מטפלת בתינוקות ובילדים עד גיל שש עשרה ניתן ייעוץ טרום לידתי כאשר מתגלים ממצאים בבדיקות טרום לידתיות, ולאחר הלידה המחלקה מציעה שרותיה בהתייעצות ובניתוחים.

המחלקה למיקרוביולוגיה קלינית ומחלות זיהומיות עוסקת באבחון, טיפול ומניעת מחלות זיהומיות במרכז הרפואי הדסה.

בתוך היחידה שלוש מעבדות העוסקות במתן שירות ובמחקר: מעבדת מטבוליטים, מעבדה אנזימולוגית ומעבדה לגנטיקה מוליקולרית.

הפעילות הרפואית כוללת אבחון, טיפול ומניעה בכמה תחומים:  מחלות כליה חריפות וכרוניות, לרבות זיהומים בדרכי השתן , יתר לחץ-דם לכל סוגיו.  הפרעות במשק המים והאלקטרוליטים, לרבות בצקות, פוליאוריה (השתנת יתר)  ודיאבטס אינסיפידוס.   מחלות הקשורות להפרעה במשק הסידן וזרחן לרבות מחלות עצם מטבוליות, כגון: אוסטיאומלציה, היפרפאראתירואידיזם והיפופאראתירואידיזם.

המחלקה מטפלת בכל התחומים הרפואיים המיוחדים לנשים בכל שלבי חייהן. בין היתר מטפלת המחלקה בפוריות האשה והגבר, מעקב הריון, סיבוכים בהריון, גיל ההתבגרות, גיל המעבר, גיל הזהב, אמצעי מניעה וכירורגיה מודרנית בגינקולוגיה. המרכז לבריאות האשה ע"ש פטרישיה וראסל פליישמן,  מהווה חלק מהמחלקה ומורכב מארבע זרועות: הזרוע הקלינית, המחקרית, הקהילתית וקשרים עם ארגונים שונים.

במחלקת עור של הדסה מטפלים בכל מגוון מחלות העור. חלק מהטיפולים הם ייחודיים לביה"ח הדסה.

השרות לילוד ולפג ניתן בשני בתי החולים של 'הדסה' בירושלים.

כ- 10,000 תינוקות נולדים מידי שנה בשני בתי החולים של 'הדסה'.

בכל אחד מבתי החולים קיימת יחידת תינוקות המיועדת לטיפול בכ- 50 יילודים בשלים ללא בעיות מיוחדות.

בשני בתי החולים יחידות לטיפול מיוחד ביילוד המיועדות לטיפול ביילודים ובפגים.

ב'הדסה' עין כרם קיימת יחידה לטיפול מיוחד המיועדת לטיפול ב- 12-14 יילודים ופגים הנזקקים להשגחה מוגברת בשל חוסר בשלות או בעיות בדרגת חומרה בינונית.

ב'הדסה' הר הצופים ממוקמת היחידה לטיפול נמרץ ביילוד ובה 10 מיטות טיפול נמרץ המיועדות לטיפול בפגים ויילודים הדורשים מעקב צמוד וטיפול נמרץ בשל חומרת מצבם או עקב פגות קיצונית. כמו כן קיימות 10 מיטות טיפול ביניים המיועדת לטיפול בפגים ללא בעיות משמעותיות אך דורשים השגחה מוגברת.

המחלקה הפנימית של הדסה עין כרם הינה מרכז שלישוני לרפואה פנימית, הכוללת 3 מחלקות אשפוז, יחידת אשפוז יום ויחידת טיפול נמרץ פנימי.  

כמו כן, היא כוללת את השרותים  לגסטרונטרולוגיה, נפרולוגיה ואנדוקרינולוגיה, וכן יחידות המתמחות באטרוסקלרוזיס, גריאטריה, מחלות כבד, סוכרת, ראומטלוגיה, אימונולוגיה קלינית ואלרגיה, ריאות, תזונה והפרעות אכילה.

המחלקה מטפלת בחולים מורכבים  מכל רחבי המדינה ועוסקת במחקר קליני וביו-רפואי מתקדם באמצעות מגוון מרכזי מצויינות ובהוראה לסטודנטים לרפואה ומתמחים.

המחלקה דוגלת בפיתוח גישה מולטי-דיסציפלינארית המשלבת טיפול רפואי, מחקר והוראה תחת מטריה מחלקתית אחת.

המחלקה הפנימית הדסה הר-הצופים הינה מרכז מצוינות בתחום רפואה פנימית.   למחלקה יחידת טיפול נמרץ לב וטיפול נמרץ פנימי, יחידה לאשפוז יום ומרפאות מקצועיות.  הצוות הבכיר של המחלקה כולל מומחים, בעלי נסיון רב, בגסטרואנטרולוגיה ומחלות בד, יתר לחץ דם, המטולוגיה, ראומטולוגיה, קרדיולוגיה וטרשת עורקים.  המחלקה מטפלת במגוון חולים מורכבים ועוסקת במחקר רפואי ובסיסי מתקדם.  המחלקה מהווה מרכז מצוינות להוראת תלמידי רפואה ומתמחים ברפואה פנימית.  המחלקה נמצאת בקשר רצוף עם רופאי הקהילה.

המכון נותן שירותים רפואיים לחולי ריאות בכל הגילאים, כולל ילדים, מתבגרים ומבוגרים. בצוות מכון הריאה יש מומחים למחלות ריאה ואסטמה במבוגרים ומומחים למחלות ריאה ואסטמה בילדים, שעובדים בשיתוף פעולה מלא.

מערך הדימות של בית החולים הדסה כולל שני מכוני רנטגן  חדישים ומשוכללים, האחד בבית החולים הדסה עין-כרם והשני בבית החולים הדסה הר-הצופים.

רופאים בעלי רישיון לעסוק ברפואה מאבחנים ומטפלים בשיטות משלימות לרפואה הקונבנציונאלית על בסיס ראיות ובשיטות מדעיות.

מחלקת השיקום בביה"ח הדסה הר הצופים הינה מרכז שיקומי ארצי ובין לאומי העוסקת בשיקומם של חולים ונפגעים בשל גורמים מרובים הכוללים פגיעות נוירולוגיות, אורתופדיות ואחרות. רופאי השיקום עובדים בשיתוף פעולה עם החולה ומשפחתו, הצוות הסיעודי והצוות הפארה-רפואי כדי להגשים את מטרות השיקום והחזיר את החולה לתפקוד מירבי ככל הניתן בחיק משפחתו.

במחלקת אורתודונטיה 8 יחידות דנטליות מצוידות היטב, 6 יחידות באולם הטיפולים הכללי, ועוד שתיים בשני חדרי טיפול נפרדים.

מקצוע האנדודונטיה עוסק במניעה ובטיפול מחלות השן, טיפול שורש, רקמת מוך השן. נזק בלתי הפיך ברקמת מוך השן מסתיים עפ"י רוב בביצוע טיפול שורש בשן הפגועה.

עוסקת בכל הטווח שבין כירורגית שיניים אמבולטורית לניתוחי פנים ולסתות מורכבים כתוצאה מחבלות קשות, גידולים, הפרעות מולדות ותפקודיות

המחלקה לפריודונטיה - רפואת חניכיים - מעניקה טיפול לסובלים ממחלות החניכיים השונות וכן בביצוע השתלות שיניים.  רופאי המחלקה מתמחים בטיפול במחלות חניכיים חמורות, בבניה מחדש של רקמות התמיכה של השיניים, בהשתלות שיניים מורכבות, בבניית עצם הלסתות במקרים של חוסר עצם לצורך שתלים וכן בעיצוב החניכיים לצורך אסתטי.  כמו כן עוסקים רופאי המחלקה במחקר קליני ובסיסי ובהדרכת סטודנטים לרפואת שיניים במסגרת האוניברסיטה העברית.

המחלקה עוסקת בטיפול, הוראה ומחקר בתחום רפואת שיניים המשקמת והמשמרת, כמו כן בתחום התותבות השלמות והחלקיות. תחום חדש הוא רפואת שיניים האסתטית  העוסקת בשיפור חזות השיניים וחלל הפה. במסגרת המחלקה לשיקום הפה פועלת יחידה המתמחה בנושא השתלת שיניים.

עוסקת בשחזורים באזור הראש והצואר, לאחר ניתוחי כריתה של גידולים או לאחר חבלה. מטרת השיחזורים לשמר בהיבטיים האסתטיים והתפקודיים.