בילדים מתגלים לעיתים מומים מולדים בדרכי השתן. חלק מהפגמים, בעיקר פגמים בכליות ובשלפוחית השתן, ניתן לאבחן עוד לפני הלידה בעזרת בדיקת אולטרה-סאונד לסקירת אברי העובר. מומים מולדים אחרים השכיחים בקרב ילדים, בעיקר באברי המין, כמו אשכים טמירים, היפוספדיאס, עקמת של הפין ועוד- מתגלים עם הלידה. את רוב הפגמים המולדים יש לתקן על ידי ניתוח. מחלות אורולוגיות רבות הפוגעות במבוגרים כמו זיהומים ואבנים בדרכי השתן, הפרעות בהטלת  השתן ודליפת שתן לא רצונית (בריחת שתן) מופיעות גם בגיל ילדות.

במסגרת המחלקה לאורולוגיה בהדסה עין כרם פועלת יחידה מיוחדת לאורולוגית ילדים בראשותו של דר' יחזקאל לנדאו.